Auch wenn Software die Verwaltung einer Hybrid Cloud erleichtern kann, ist der Verwaltungsaufwand immer noch größer als bei den beiden Alternativen. Zu diesem Aufwand gehört auch, dass man klar definieren muss, welche Geschäftsbereiche in welchem Teil der Cloud gespeichert werden sollen. Nur wenn man einen konkreten Plan hat, lassen sich Probleme beim Betrieb einer Hybrid Cloud dauerhaft vermeiden. Diesen Plan muss man auch an alle Beteiligten kommunizieren und ein effektives Rechtesystem etablieren.
Dies hängt auch mit dem zweiten großen Nachteil der Hybrid Cloud zusammen: die im Vergleich geringere Sicherheit. Die Mischform kann nicht so sicher sein, wie eine in sich geschlossene Lösung vor Ort. Um aber dennoch einen bestmöglichen Datenschutz garantieren zu können, muss auch hinsichtlich der Sicherheit ein klares System etabliert werden. Wenn die Gefahr besteht, dass sensible Daten in den falschen Sektor gelangen, lässt sich keine Datensicherheit gewährleisten. Deshalb ist es notwendig, Strategien zu entwickeln und durchzusetzen, die einen falschen Umgang mit der Hybrid Cloud verhindern oder das Risiko dafür minimieren.
Darüber hinaus muss sich jedes Unternehmen genau überlegen, ob es überhaupt eine Hybrid Cloud braucht. Wenn ein eigenes Rechenzentrum bereits Teil des Unternehmens ist, und dieses voraussichtlich noch für die nächsten Jahre ausreicht, dann ist eine Auslagerung über eine Hybrid Cloud nicht nötig und nur mit zusätzlichem Aufwand verbunden. Auf der anderen Seite: Ein Unternehmen, das seine Daten einem vertrauenswürdigen Hosting-Anbieter mit hohen Datenschutzstandards anvertrauen kann, braucht nicht zusätzlich noch ein eigenes Rechenzentrum bzw. eine eigene Private Cloud, sondern ist mit der Public Cloud gut bedient.