Um unter Linux den ln-Befehl sinnvoll und gezielt einsetzen zu können, sollte man den Unterschied zwischen Soft- und Hardlinks kennen: Softlinks sind Querverweise, die eine Ursprungsdatei über einen Verweispfad adressieren. Verschiebt oder löscht man die Originaldatei, gibt es kein Zielobjekt mehr und der Wegweiser läuft ins Leere. Löscht man hingegen den Softlink, bleibt die Originaldatei erhalten; es wird ja nur der Verweis auf diese Datei entfernt. Softlinks werden auch symbolische Links oder (abgekürzt) Symlinks genannt. Softlinks können nicht nur mit dem ln-Befehl im Linux-Terminal, sondern auch mit Funktionen der grafischen Benutzeroberfläche, etwa im Dateimanager von Linux, erstellt werden. Auf der grafischen Benutzeroberfläche von Linux erkennt man einen Softlink an einem Pfeilsymbol, das zusätzlich auf dem Icon der Datei platziert ist.
Hardlinks können nur auf der Kommandozeile erzeugt werden. Sie sind weitreichender als Softlinks in die Speicherverwaltung eines Betriebssystems und das jeweils verwendete Dateisystem integriert. Ein Hardlink ist ein zusätzlicher Verzeichniseintrag für eine Originaldatei, wobei auch mehrere harte Links auf dieselbe Datei verweisen können. Letztlich unterscheidet Linux technisch und operativ nicht zwischen Original bzw. Originallink (Primärlink) und einem später generierten Hardlink (Folge- und Sekundärlink). Daher sind auch alle Verzeichniseinträge gleichberechtigt und funktionieren unabhängig voneinander. Durch einen Hardlink kann der Zugriff auf eine Datei an verschiedenen Orten ermöglicht werden, was etwa häufig für Backups genutzt wird.
Die Besonderheiten und die Funktionsweise von Hardlinks kann man am besten an einem konkreten Beispiel erklären. Eine Videodatei, die zunächst nur im Verzeichnis „Meine Videos“ zugänglich ist, kann nach Anlegen eines Hardlinks auch über das Verzeichnis „Meine Videos-Backup“ abgerufen werden. Löscht man nun die Originaldatei in „Meine Videos“ (streng genommen wird nur der primäre Verweis auf die Videodatei gelöscht), ist sie über den gleichwertigen Parallelzugang (Hardlink-Pfad zur Datei im Verzeichnis „Meine Videos-Backup“) immer noch problemlos erreichbar. Dabei haben Hardlinks den Vorteil, dass ein zusätzlicher Vermerk in der Speicherverwaltung nicht den doppelten Speicherplatz in Anspruch nimmt. Sie sind lediglich alternative Zugangsoptionen (via Dateipfad) und repräsentieren keine komplette zweite physische Kopie einer Datei.
Hardlinks sind unter Linux eng mit einer speziellen internen Buchführung verknüpft. Jeder Hardlink verweist auf einen sogenannten Inode und wird einer unverwechselbaren und eindeutigen Inode-Nummer zugeordnet, die ebenfalls der Originaldatei zugewiesen ist. Eine Datei wird erst endgültig in der Inode-Verwaltung und damit auch im System gelöscht, wenn alle Einträge (also sämtliche Verweise auf diese Datei) durch Löschoperationen für ungültig erklärt wurden und ein interner Link-Zähler auf null gesetzt wurde. Wird nur ein Adresseintrag von mehreren gelöscht oder die Originaldatei in ein anderes Verzeichnis verschoben, ändert sich hingegen nichts. Die verbliebenen und im Inode hinterlegten Optionen für einen Zugriff auf die Originaldatei sind weiterhin gültig.