In klassischen relationalen Datenbanken muss für jede Information ein Feld existieren – und zwar in jedem Eintrag. Wenn die Information nicht zur Verfügung steht, bleibt die Zelle leer, muss aber angelegt sein. Dokumentenorientierte Datenbanken sind sehr viel flexibler: Die Struktur der einzelnen Dokumente muss nicht konsistent sein. Auch große unstrukturierte Datenmengen können so in der Datenbank untergebracht werden.
Außerdem ist es einfacher, neue Informationen einzugliedern: Während man bei einer relationalen Datenbank einen neuen Informationspunkt in alle Datensätze einfügen muss, reicht es bei einem Document Store, die Neuheit in nur wenige Datensätze zu integrieren. In weitere Dokumente kann der zusätzliche Inhalt eingefügt werden – muss er aber nicht.
Zusätzlich werden die Informationen bei Document Stores nicht über mehrere untereinander verknüpfte Tabellen verteilt. Alles befindet sich an einem Ort, was zu einer besseren Performance führen kann. Diesen Geschwindigkeitsvorteil können dokumentenorientierte Datenbanken allerdings nur ausspielen, solange man nicht versucht, sie mit relationalen Elementen zu versehen: Referenzen passen eigentlich nicht in das Konzept von Document Stores. Versucht man dennoch, die Dokumente untereinander zu vernetzen, wird das System sehr komplex und sperrig. Bei stark vernetzten Datenmengen ist also ein relationales Datenbanksystem vorzuziehen.