Die Administration erfolgt auf dem Server über das grafische Tool „Server Manager“ des Windows-Server-2016-Betriebssystems oder über die Kommandozeile. Bei der Installation des Storage-Spaces-Direct-Clusters werden zunächst alle Festplatten der verschiedenen Server zu einem Storage Pool zusammengefasst. Wichtig ist, dass nur die Laufwerke, auf denen Nutzerdaten gespeichert werden, in den Cluster aufgenommen werden. Die Betriebssystemlaufwerke der Server bleiben weiterhin unabhängig.
Die nutzbaren Festplatten und Halbleiterspeicher werden automatisch erkannt und hinzugefügt. Auf diese Weise kann man später weitere Festplatten und Server in den Cluster aufnehmen und die Speicherkapazität bedarfsgerecht skalieren. In jeden Knoten lassen sich zusätzlich zur Systemfestplatte noch bis zu vier Datenlaufwerke und zwei Cache-Laufwerke einbauen.
Auf dem neu eingerichteten Cluster werden dann virtuelle Disks angelegt, die hier als Cluster Shared Volume (CSV) bezeichnet werden. Diese CSVs werden anschließend formatiert, wobei zwei Dateisysteme möglich sind. Microsoft empfiehlt das CSV-ReFS (Resilient File System), das besser auf die Storage-Spaces-Direct-Technologie abgestimmt ist als das CSV-NTFS auf Basis des klassischen NTFS für Festplatten. Die CSVs können sich über mehrere Hardware-Laufwerke erstrecken, was für den Anwender jedoch keine Rolle spielt und ausschließlich vom System verwaltet wird.
Jeder einzelne Storage-Spaces-Direct-Knoten kann eine gesamte Speicherkapazität von bis zu 100 TB haben. Ein Storage Pool aus mehreren Servern kann nur eine Maximalkapazität von 1 PB (PetaByte = 1.024 TB) nutzen, obwohl Storage Spaces Direct (S2D) bis zu 16 Server zulässt.
Die Netzwerkkommunikation zwischen den einzelnen Knoten erfolgt über das SMB3-Protokoll, eine Weiterentwicklung des Server Message Block (SMB) mit SMB Direct und SMB Multichannel.