Bei Stripe fallen für Zahlungen mit Kreditkarten innerhalb von Europa Kosten in Höhe von 1,4 Prozent der Transaktionssumme sowie eine allgemeine Servicepauschale an, die pro Transaktion 0,25 Euro beträgt. Für internationale Zahlungen werden neben der identisch hohen Pauschale 2,9 Prozent der Zahlungssumme berechnet. Bei PayPal fallen die Gebühren in der Summe etwas höher aus. Bei Zahlungen mit Kreditkarte behält PayPal 2,49 Prozent der Transaktionssumme, zusätzlich werden währungsspezifische Festgebühren erhoben. Für den Euro liegen diese bei 0,35 Euro pro Zahlungsvorgang. Im Gegensatz zu Stripe bietet PayPal einen zusätzlichen Tarif für Mikrotransaktionen an, der vorteilhaft sein kann, wenn mit vielen Zahlungen unter 10 Euro zu rechnen ist.
Hinsichtlich der Chargeback-Gebühren fallen die Unterschiede zwischen Stripe und PayPal größer aus. Die Gebühren kommen dann zum Tragen, wenn Kreditkartenzahlungen zurückgebucht werden (Chargeback). Die integrierte Chargeback Protection bei Stripe, die mit einer Gebühr von 0,4 Prozent der Transaktionssumme zu Buche schlägt, sorgt dafür, dass Stripe den strittigen Betrag sowie die Anfechtungsgebühren in jedem Fall übernimmt. Der Händler muss nicht einmal Beweise vorlegen können. PayPal hingegen setzt seit April 2021 eine Konfliktgebühr ein, wenn der Händler und der Käufer zu keiner eigenständigen Einigung gelangen. Pro Fall beträgt die Höhe der Gebühr 16 Euro.