Grundsätzlich löscht der Inkognito-Modus den Verlauf (Chronik) und bei den meisten Browsern auch die Cookies, wenn eine Session beendet wird.Er löscht aber in der Regel nicht die gesetzten Lesezeichen oder heruntergeladene Dateien. Den Browserverlauf zu löschen kann vor allem dann von Bedeutung sein, wenn mehrere Personen denselben Rechner benutzen. Surft jemand inkognito, können nachfolgende Nutzer des Rechners auf herkömmlichem Weg nicht nachverfolgen, auf welchen Seiten jemand war.
Internetprovider und Netzwerk-Administratoren – und dadurch bei Firmen-PCs in der Regel auch die Arbeitgeber – können sehr wohl nachverfolgen, welche Seiten jemand aufgerufen hat; auch im Inkognito-Modus. Der Inkognito-Modus schützt (zumindest ursprünglich) nicht vor Trackern und Analysetools, mit denen Websites versuchen, das Surfverhalten der Nutzer nachzuverfolgen; ebenso wenig vor Schadsoftware, wie z. B. Keyloggern oder Schnüffelsoftware. Manche Browser wie Mozilla Firefox haben die Schutzmechanismen in diese Richtung erweitert – die Einstellungen dazu erfolgen meist unabhängig vom Inkognito-Modus.
Inkognito zu surfen bedeutet also in erster Linie, dass nachfolgende Nutzer auf demselben Rechner nicht nachvollziehen können, welche Seiten der vorhergehende Nutzer aufgerufen hat. Zudem löschen die meisten Browser nach Beenden des Surfvorgangs die Cookies, die während des Surfens im Inkognito-Modus von Drittanbietern gesetzt wurden. Generell gilt: Auch im Inkognito-Modus surft man keinesfalls „anonym“. Wer sein Surfverhalten umfassend anonymisieren möchte, der muss andere Methoden wählen.