Die Aktivitäten des MBR benötigen einen Anstoß, der nach dem Anschalten des PCs durch das BIOS (Basic Input/Output System) erfolgt. Das BIOS ist eine besondere Software, die auch als Firmware (englisch firm: „fest“) bezeichnet wird. Sie findet sich auf dem Mainboard eines PCs mit x86er-Architektur, wo sie in einen speziellen Chip (z. B. EPROM-Chip, Flash-Speicher) eingebettet ist. Das BIOS bleibt als fixe Komponente dauerhaft erhalten, auch wenn der Rechner ausgeschaltet ist.
Das BIOS selbst muss keine genaue Kenntnis von der Partitionierung eines Datenträgers haben. Es sorgt lediglich dafür, dass der Bootloader des MBR in den Speicher geladen und ausgeführt wird. Ist der Master Boot Sektor ausgelesen und dessen Bootloader im Arbeitsspeicher aktiv, wird zunächst anhand der Partitionstabelle die aktive (= bootfähige) Partition einer unterteilten Festplatte ermittelt.
Wird diese gefunden, läuft eine Kettenreaktion nach dem Chain Loading-Prinzip ab: Der identifizierte Bootsektor der adressierten Partition wird operativ eingebunden und der partitionseigene Bootloader übernimmt im Arbeitsspeicher die Kontrolle. Es folgen umfangreichere Abläufe und Routinen, die den eigentlichen Start des Betriebssystems abwickeln. Da der partitionseigeneBootloader komplexere Aufgaben übernimmt, ist er in der Regel größer als das Startprogramm des MBR.
Befinden sich auf dem Rechner mehrere Betriebssysteme, stoppt das Hochfahren frühzeitig, bis der Anwender eine Auswahl trifft (etwa zwischen Windows 7 und Windows 10). Solche speziellen Bootmanager arbeiten in der Regel zeitbasiert: Bleibt eine Eingabe von außen aus, wird am Ende eines Zeitlimits automatisch das bevorzugte Betriebssystem gestartet.