Starten Sie als erstes den Server. Als Host ist bereits Ihr eigener Computer, Localhost, ausgewählt. Auch der Port ist bereits eingetragen. Sollte dies einmal nicht der Fall sein, wählen Sie hier den Port mit der Nummer aus, die Ihnen während der Installation angezeigt wurde. Falls Sie ein Passwort ausgewählt haben, müssen Sie sich nun mit diesem einloggen. Ansonsten können Sie den FileZilla-Server direkt starten und einrichten.
Nun richten Sie den Server ein. Klicken Sie hierfür in der Navigationsleiste des Programms auf „Server“ und anschließend auf „Configure…“. Alternativ können Sie hierfür die Tastenkombination [Strg] + [F] nutzen. Zunächst haben Sie die Möglichkeit, den Port zu verändern. Standardmäßig ist Port 21 vorausgewählt – diese Einstellung sollten Sie beibehalten. Unter dem Punkt „Timeouts“ können Sie einstellen, dass Ihr Server nach einer von Ihnen gewählten Zeitspanne heruntergefahren wird.